PkHex - Dúvidas

Gente to com um probleminha sério,editei umas Box no meu Pokemon X pelo PkHex,deu tudo certo,apareceu certinho no jogo e tal,só q acontece q agr uns eventos ficam se repetindo toda vez q ligo o jogo,tipo quando vc entra em umginasio passa a apresentação de novo,certas rotas npc's não deixam vc passar,como se tivesse q fazer alguma quest antes para passar ali,só q eu já fechei o jogo a uns meses já,venci a liga e tudo mais,e tipo isso já tá me encomodando seriamente,tentei resolver pelo PkHex algumas vezes já,vendo se é na quela parte de Event Flags e tal,mas nada mudou,se alguem já passou por isso,ou tem uma dica pra ajudar a resolver mandem aí,nas paginas gringas até agr não achei nada a respeito.